Предлагается модель динамики экосистемы подо льдом крупного озера с использованием клеточных автоматов (КА), позволяющая учитывать пространственные неоднородности, процессы перемешивания, подледной конвекции, локальные особенности окружающей среды. Использовались данные уникальных комплексных экспериментов подо льдом, проводимых на Онежском озере в период от устойчивого ледяного покрова до начала его разрушения.