Рассмотрена сезонная динамика состояния сообществ фитопланктона литоральной зоны в связи с разработкой схемы биомониторинга Онежского озера. В фитопланктоне открытой и закрытой литорали Онежского озера выявлено 116 таксонов водорослей рангом ниже рода с преимущественным видовым разнообразием диатомовых (44% от общего числа видов) и зеленых (28%) водорослей. На протяжении всего периода открытой воды количественно в планктоне доминировали диатомовые водоросли, создающие в среднем от 74% до 98% от общей численности фитопланктона и от 33% до 96% от общей биомассы. Средние значения фитопланктона в литорали озера не превышали 276,5 тыс.кл/л для численности и 0,529 г/м3 для биомассы весной, 137,9 тыс.кл/л и 0,234 г/м3 летом и 95,5 тыс.кл/л и 0,399 г/м3 осенью. Биомасса мелкоразмерной фракции (нанопланктон) была наибольшей летом (июль).