В работе показано, что, несмотря на получение экономистами-экологами ряда значимых научных результатов, пока исследования в сфере экологической экономики отличают низкая идентичность, слабость и непроработанность методологии. На основании определённых особенностей рассматриваемой области знания, текущих институциональных условий осуществления научной деятельности и доминирующей экологической картины мира обоснована мезоморфная методология изучения саморазвивающихся, взаимообусловленных и континуальных экосистем, которая предполагает объединение логической и чувственной формы познания, применение методов, учитывающих неполноту и субъективность доступных данных. Сформированы рекомендации по изменению институциональных условий проведения научной работы.