В статье рассмотрены проблемы построения онтологий научных дисциплин по описанию изученности природных объектов и систем, применение онтологий для систематизации и комплектации контента ЭБ КарНЦ РАН. Интеграция информационных ресурсов контента сопровождается их индексацией при помощи онтологий с целью последующего тематического поиска с использованием тех же онтологий для построения запросов.